Nata de Cassava dibuat dengan fermentasi bertingkat secara mikrobiologis. Bahan baku yang digunakan dapat berupa ketela, limbah padat maupun limbah cair. Pada limbah cair untuk pembuatan nata dapat langsung ditambahkan sedikit gula dan stater Acetobacter xylinum karena sudah mengandung gula (glukosa). Sedangkan untuk limbah padat difermentasi terlebih dahulu dengan Kapang dan khamir selama 3 hari untuk menghidrolisis pati pada onggok menjadi molekul lebih sederhana berupa gula yang dapat digunakan sebagai bahan baku pembuatan nata oleh Acetobacter xylinum. Larutan yang telah mengandung kadar gula 5-7% sudah dapat digunakan untuk fermentasi lebih lanjut menjadi nata de cassava selama 7 hari.
